Nhân sự bất hòa giữa anh em Tây Sơn, tháng 8 năm 1787 Nguyễn Ánh từ Xiêm quay trở lại Gia Định. Nguyễn Lữ bỏ Phạm Văn Tham một mình chiến đấu với quân Nguyễn và tự ý rút về Quy Nhơn. Mặc dù sau đó Phạm Văn Tham đã nỗ lực chống trả nhưng vì không được viện binh trợ lực nên tháng 8 năm 1788 Nguyễn Ánh chiếm lại được Gia Định. Phạm Văn Tham rút chạy ra ngoài vẫn cố đơn độc chiến đấu để chờ viện binh nhưng lúc đó Nguyễn Nhạc chỉ lo phòng bị vua em Bắc Bình vương ở phía bắc mà không đoái hoài đến việc cứu phía nam nữa. Thế cùng sức kiệt, đầu năm 1789 Phạm Văn Tham bị Nguyễn Ánh vây chặt, lại bịt đường ra biển về Quy Nhơn nên buộc phải đầu hàng. Tây Sơn lại mất Nam Bộ.

Nguyễn Huệ đang chuẩn bị khởi binh thì nghe tin Lê Chiêu Thống cõng rắn cắn gà nhà chạy sang bên tàu cầu quân Thanh cứu viện, vua Càn Long nhà Thanh viện cớ này sai Tôn Sĩ Nghị kéo 200 ngàn quân cùng với Hứa Thế Hanh, Sầm Nghi Đống sang đánh chiếm Thăng Long.

Đại phá quân Thanh

Tháng 11 năm 1788, quân Thanh chia làm bốn đạo tiến vào nước ta. Theo tính toán chủ quan của Tôn Sĩ Nghị, nhà Thanh hủy bỏ kế hoạch điều động thủy binh đánh vào Thuận Quảng. Do đó, quân Thanh xâm lược nước ta chỉ có bộ binh.

- Đạo quân chủ lực do Tôn Sĩ Nghị chỉ huy, qua Lạng Sơn tiến xuống Thăng Long.
- Đạo quân thứ hai do tri phủ Sầm Nghi Đống chỉ huy, qua Cao Bằng tiến xuống.
- Đạo quân thứ ba do đề đốc Ô Đại Kinh chỉ huy, qua Tuyên Quang tiến xuống.
- Đạo quân thứ tư theo đường Yên Quảng (Quảng Ninh) tiến vào.

Nguyễn Huệ đứng trước hai lựa chọn: Nam tiến hoặc Bắc tiến.QuanTrung Cả hai mặt trận đều nước sôi lửa bỏng và cần đến ông, tuy nhiên, nếu ông quá sa vào một mặt trận thì mặt trận kia sẽ vỡ. Mặc dù nhận thức được quân Mãn Thanh phía Bắc là nguy cơ lớn hơn và gấp gáp hơn nhưng Nguyễn Huệ không thể đánh địch theo chiến thuật trường kỳ như triều đại nhà Lý, nhà Trần trước đó đã làm để chống quân phương Bắc. Vì vậy ông quyết định chọn cách đánh thần tốc.

Chỉ say 1 ngày đăng cơ  ông liền cất đại quân ra Bắc. Ngày 20 tháng Chạp năm Mậu Thân (15 tháng 1 năm 1789), đại quân của Quang Trung đã ra đến Tam Điệp. Sau khi xem xét tình hình, Quang Trung hẹn ba quân ngày mồng 7 Tết sẽ quét sạch quân Thanh, vào ăn Tết ở Thăng Long. Sớm hơn cả dự kiến, chỉ trong vòng 6 ngày kể từ đêm 30 Tết âm lịch, quân Tây Sơn đã đánh tan 29 vạn quân Thanh. Tôn Sĩ Nghị đang ngủ say, nửa đêm nghe báo tin không kịp thắng yên ngựa, không mặc áo giáp bỏ đồn chạy.

Sau đó Quang Trung trao lại binh quyền cho Ngô Văn Sở và Ngô Thì Nhậm và vội trở lại Phú Xuân để đề phòng Nguyễn Ánh.

Quang Trung không chỉ muốn hòa hoãn với Càn Long mà còn muốn xuất quân đánh nhà Thanh. Trước khi tính chuyện đánh Thanh, nhà vua cho quấy rối nội địa Trung Quốc bằng cách lợi dụng đảng "Thiên Địa Hội" khiêu khích người Thanh. Giữa năm 1792, Quang Trung đã gửi thư đến Càn Long cầu hôn một nàng công chúa Thanh triều và "xin" hai tỉnh Quảng Đông và Quảng Tây để thử ý vua Thanh. Tuy nhiên, dự định không thực hiện được vì cái chết đột ngột và bí ẩn của ông.

Tây Sơn suy sụp

Sau cái chết của vua Quang Trung, nhà Tây Sơn càng ngày càng suy sụp. Nguyện Ánh nhân diệp này, liền khởi binh đánh Tay Sơn. Giữa năm 1802 Nguyễn Ánh tiến ra chiếm được Thăng Long, Quang Toản không chống nổi, bỏ chạy và bị bắt. Nguyễn Ánh đã trả thù gia đình Quang Toản những người theo Tây Sơn vô cùng tàn bạo.