Ngày 1 tháng 6 âm lịch năm 1802 Nguyễn Ánh lên ngôi niên hiệu là Gia Long, đặt tên nước là Việt Nam, đóng đô ở Huế. Tuy nhiên ông có công trong việc khai khẩn miền Nam, nhưng Nguyễn Ánh là người hẹp hòi, đã cho đào mả của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ vứt thây đi, và còn hành hạ, đánh giết tướng quân của Nguyễn Huệ. Mặt khác ông cũng giết hại công thần của chính ông.

Sau 18 năm ở ngôi, ông băng hà năm 1820 vàDaiNam được đặt miếu hiệu là Thế Tổ Cao Hoàng Đế. Dưới thời vua Gia Long, có thể nói nước ta lần đầu tiên được thống nhât từ Nam chí Bắc, từ mũi Cà Mau đến ải Nam Quan như ngày nay.

Đối với những hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa vua Gia Long từ năm 1816 đã chính thức ra lệnh tiếp thu Hoàng Sa, cắm cờ trên đảo và đo thuỷ trình. Sang triều Minh Mạng, nhà Nguyễn cho xây đền, đặt bia đá, đóng cọc, và trồng cây. Đội Hoàng Sa và Đội Bắc Hải được trao nhiều nhiệm vụ hơn: khai thác, tuần tiễu, thu thuế dân trên đảo và nhiệm vụ biên phòng bảo vệ hai quần đảo. Hai đội này tiếp tục hoạt động cho đến khi người Pháp vào Đông Dương.